Mivel a latex a printindex beszúrási helyénél dolgozza fel az indexeket, így első közelítésben úgy gondolom, hogy magát az index parancsot kellene alaposan átírnod, kibővítve az általad kívánt funkcióval. Hogy ez egyáltalán lehetséges-e, arról fogalmam sincs. Annyira nem ismerem a latex/tex belső világát.
Nem az amit szeretnél, de részben valami hasonló érhető el a
\marginpar és a \marginnoteparancsokkal. Nem szövegdobozban lesz, hanem a margó részen. Funkciójában hasonló lesz, csak nem lesz boxban. Viszont ez nem fog bekerülni a tárgymutatóba. (Kezdésnek: https://www.sharelatex.com/learn/Margin_notes)
Amit javaslok: Írsz egy saját marginnote (vagy marginpar) parancsot, ami egyszer a paraméterét átadja az eredeti parancsnak, illetve egy index parancsnak is. Valami ilyesmire gondolok:
\usepackage{marginnote}
\newcommand{\mymarginnote}[1]{
\index{#1}
\marginnote{#1}
}