Zavaros amit írsz... ha egy háttértáron van több rendszer, akkor annak nincs köze a bios boot sorrendjéhez. Ha több lemez is van, egyiken az egyip oprendszer és másikon a másik, akkor lehet nem is bántja a win telepítő.
Amúgy meg a grub újratehető akkor is, ha a win telepítő szétcseszi. A mai linux telepítők képesek elindulni pendriveről / optikai lemezről is live módban, ahol elvégezhető a grub javítása/újratelepítése.
http://howtoubuntu.org/how-to-repair-restore-reinstall-grub-2-with-a-ub…
efis rendszerrel is működik, csak akkor fel kell mountolni az efi-t is.
https://askubuntu.com/questions/831216/reinstalling-grub2-efi-partition
Ha valójában arról van szó, hogy kétes eredetű, bios lockos géped van, azért nem lehet boot sorrendet változatatni, akkor is esélyes, hogy van f valahanyas gombra választó menü, hpgy miről induljon. Erről már más is írt.