Köszönöm a sok értékes információt, valamit oszlott a köd, illetve örülök hogy közben olyan "járulékos" hozzászólások is születtek, amik szintén hasznosnak fognak bizonyulni.
Arra gondoltam, hogy a minden-service-egy-kontener helyett úgy építem majd fel, hogy:
-mysql marad natívan, adataival együtt, egy darab
-fájlrendszer szintén marad a helyén, és be lesznek az egyes könyvtárak csatolgatva a konténerek alá
-konténerbe a webszerver és a modulba rakott php kerül, website-onként a megfelelő verziók
A mysql szerver "konténerizálásán" még gondolkodom, de lehet nem sokat jelentene, úgyis mindenkinek külön user/port van.
A fájlrendszer azért is praktikus így, mert a vcs is különösebb gond nélkül hozzá fog férni amihez akar, illetve az elérés (phpstorm ssh-n) sem kell külön variálni. Az mondjuk lehet megérne egy próbát, hogy a konténerbe belekerülhetne pluszban egy sshd meg egy git, de ez valószínűleg már felesleges.