Nem, mert mint írtam, futás közben is tud beletenni töréspontot. Csak aztán ha az egyiken megáll, akkor álló helyzetben hiába teszek be újabbakat, azok már nem jutnak el a GDB-ig. De ha csak simán leállítom a debuggert, majd újraindítom, akkor minden korábban beállított töréspont működik. Azaz nem kell újrafordítani, elég csak a debuggolást újrakezdeni.
Egy másik gépen, Linux Mint 17-en (azaz Ubuntu 14.04) két Eclipse-em van. Az egyik ott is az eclipse-cdt csomagból jött, a másikat meg binárisból tettem föl. Az eclipse-cdt csomagos Eclipse ott majdnem pont fordítva viselkedik: álló helyzetben tudok töréspontot tenni, a single-step is müxik, de futás közben nem tudok újabb töréspontot betenni, sőt a "suspend" sem megy. (A binárisból telepített Eclipse jól megy, csak az meg a STDOUT-ot kezeli rosszul.)
Szerintem valami Java inkompatibilitási probléma lesz, csak reméltem, hogy beállításokkal meg lehet oldani.