Az egyik dolog:
Létezik ez a wear leveling nevű algoritmus, ami elosztja a terhelést az sd kártyán, azért, hogy ne mindig ugyanaz a terület legyen írogatva, ezzel csökkentve az elhasználódás esélyét. Na ez az algoritmus sok esetben úgy van megírva, hogy a FAT fájlrendszer sajátosságaira számít. Például sejthető, hogy a FAT fájlrendszer melyik szektorai vannak nagyon sokat írva. Ha más fájlrendszert használsz, ami máshogy működik, akkor máshol jelenik meg a nagy terhelés, erre nem számít a wear leveling, és nem védi meg a kártyát a túlírástól.
(Egyébként ez elég gáz :))
A másik dolog, hogy a gyári formázással a fájlrendszer kifejezetten akkora blokkméretekre lett állítva ami a kártyának jó. Ha újraformázod, akkor lehet, hogy az új fájlrendszer más blokkméretet használ. És is extra elhasználódást, és lassabb működést eredményezhet.