"annak kellene külön filerendszert csinálni a HDD-n"
Ő... vagy csak használsz egy nagy partíciót az ssd-n, és egy nagy partíciót a HDD-n.
Hacsak nincs különösebb okod = más fájlrendszert használsz, nem látom értelmét az ilyen szintű darabolásnak, amit leírtál fentebb. Milyen előnyökkel jár az, ha lekorlátozod magadat ezáltal?
Csak azért mondom, mert én is SSD + HDD kombóval nyomulok, a tipikus felhasználás hogy a rendszer SSD-n figyel, az adatok pedig HDD-n.