Nálunk is jelentkezik, valószínűleg valaki valamit elszúrt a csomag függéségei kapcsán.
Külön érdekesség, hogy a 0yum-security.cron így reagálja le a problémát:
/etc/cron.daily/0yum-security.cron:
Failed to check for updates with the following error message:
Failed to build transaction: Success - empty transaction
Ember legyen a talpán, aki tudja ezt értelmezni. :)