(Én xsel-t telepítettem, ahogy írtam is.)
A set clipboard=unnamedplus van beállítva nálam.
Így a clipboard része működik (oda-vissza) a szabvány vim p, y, d (paste, yank, delete) gombokkal.
A Shift+Insert pedig működik a selection clipboard-dal.
Plusz karaktert nem tapasztalok sem az nvim-ben, sem a vim-ben, pedig én is Gnome Teminálban használom.
Lehet, hogy az xclip vs xsel az ok? Más különbséget egyelőre nem látok.
Illetve még ilyesmit találtam a témában:
[SOLVED] Weird characters while pasting in terminal