Mindenképp 3 ágban gondolkoznék, egy a közös dolgoknak, és 1-1 az egyedieknek.
Megkockáztatom, hogy nyelv és architektúra függően akár nem is egy repóm lenne hanem 3, ahol a közös rész tulajdonképpen egy library ami a két ráépülő projecttől függetlenül fejleszthető (innentől kezdve nem érdekes, hogy külön-külön egyik sem használja a teljes kódbázist, ha valamiért ezt el kell kerülni akkor konfigurálhatóan ki lehessen kapcsolni a nem használt részeket a kódbázisból).
Ha mindenképp egy repót akarsz, akkor is a két project master branchébe mergelném a közös kód master branch-ét, így nem kell rebaselni.