"szabad terület az MFT-ben?"
Töredezett az MFT, a mértékét a beépített defrag-al látni fogod, de töredezettség mentesíteni ezzel tudod:
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897428.aspx
Contig.exe c:\$MFT
"A CHKDSK lefoglaltnak jelölt szabad területet talált a kötet bittérképében."
$MFT vagy $BITMAP metafájlja sérült meg, ezt a chkdsk-nek elvileg javítania kell.
"A második NTFS rendszerindító szektorra nem lehet írni."
"Melyik második? Egy partició, egy boot sector vagy nem?
De, vagyis nem. :)
Az NTFS a primary mellett tárol egy biztonsági másolatot, ezt nem tudja írni, ez a partíció cégén található.
Ez viszont tényleg lehet hardver hiba.
Próbálj meg chkdsk /r-t is futtatni.
Ha ez nem segít és mindegy minden alapon megy a dolog, akkor én lecsípnék (shrink) a kérdéses partícióból, a régi és új particiót megnézném chkdsk-el, majd, ha konzisztensnek látja, akkor merge-ölném.