Pár gondolat a teljesség igénye nélkül:
Verzió? Verziószám? Van licenced? Akkor ott a supportjuk.
A partíció copy-zása nyilván csak az adatokra vonatkozik, azért nem állította a flag-et.
Ha lassú a Windows a cél HDD-n, azt a hibás metaadatokon kívül okozhatja például az is, hogy régi a HDD, és a hardver relokálja az olvashatatlan. Mutass kérlek S.M.A.R.T. adatokat!
Windowsok klónozására én az Acronis TrueImage-et használom/javaslom.