Itt nagy keveredés van. A "--prefix" azt mondja meg, hogy a "DESTDIR=/" esetén hol legyenek a csomagok, magyarul a gyökérhez képest. Ezt lehet felüldefiniálni, hogy ne az alaprendszerbe, hanem egy külön könyvtárba telepítsen. Ergo a "DESTDIR=/var/tmp/destroot make install" a /var/tmp/destroot/$prefix/... könyvtárba fog pakolni...
Amúgy érdemes lenne megnézni a Frugalware vagy az Arch csomagkészítőjét. Minimális munkával át lehetne alakítani és nagyon jól kezeli mindkettő a build függőségeket...