A dm-crypt pedig teljesen jó ilyesmire, én pont úgy használom ahogy írtad. Egy darab viszonylag nagy fájlon (pl. 500Mb) belül van egy bármilyen fájlrendszer, amit loop device-ként felcsatolsz, miután a dmcrypt-el kinyitottad. Használod, módosítod, stb., aztán umount, és a fájt lehet horcolni, felhőben, ködben tárolni.
Felhőzésnél figyelni kell hogy differenciális szinkronizálás legyen (dropbox pl.), különben sokat fog szöszölni egy apró változtatásnál is...