Egyik lehetőség a már párszor említett DESTDIR.
Viszont a ./configure-féle --prefix-et NEM ajánlom, főleg nem abban az esetben, ha kb. követed az FHS-t, azaz nem az egy program-egy könyvtár elvet követed, hanem a binárisok a /usr/bin-be, a libek a /usr/lib-be, stb. Miért is nem ajánlom? Ha megcsinálod --prefix-szel, akkor a létrejövő *.pc fájlokban (pkgconfig) a megadott prefix-szel lesznek a megadott hivatkozások (tehát /tmp/csomagok/), ami gondot okoz egy ettől függő csomag fordításakor, ui. a létrejött *.pc fájlban olyan könyvtárra fogsz hivatkozni, ami nem is létezik - ami még nem baj, csak aztán a szükséges header-ek nem lesznek meg.
A másik lehetőség a kézikönyv 6.3.2.5-ös pontja (LD_PRELOAD vagy strace).
Egy harmadik opció, hogy make install előtt létrehozol egy üres fájlt, utána make install, majd egy find -newer létrehozott_fájl megtalálja neked azokat a fájlokat, amelyeket a fentebb létrehozott fájlnál későbbiek.
Az LFS Hints-ben pedig ezeket találtam:
http://www.linuxfromscratch.org/hints/downloads/files/package_managemen…
http://www.linuxfromscratch.org/hints/downloads/files/pm_with_git.txt (érdekes ötlet, gyakorlatilag a git-re bízod)