Kipróbáltam, CentOS 6 alatt sajnos nem működik így, akkor is az FQDN-t kapom vissza, ha simán a "hostname" parancsot futtatom. Érdekes módon, ha megcserélem a hosts fájlban az FQDN-t, és a hostname-et, akkor fordított logika szerint viselkedik, a "-f" adja meg a sima hosztnevet, a paraméterek nélküli futtatásnál pedig FQDN-t kapok vissza...
Kicsit utánaolvasva azt vettem észre, hogy nagyon nem egyértelmű, hogy az egyes disztróknál melyik formátumot kell használni, hol az FQDN-t, hol a sima hosztnevet említik a doksikban. Az egyetlen használható tanács az, hogy következetesen állítsa be az ember mindenhol, vagy az egyik, vagy a másik formátumot használva.
Ha a topikindító esetében egy alkalmazás azt várja, hogy a "hostname" csak a nevet adja vissza, akkor a dokumentációban foglaltakkal ellentétben jó lehet ez a megoldás is, csak következetesen kell használni mindenütt.