Régebben próbálgattam a LyX-et. (Még régebb óta használom a LaTeX-et, ami a mai napig a fő szerkesztőm, még 1 oldalas leveleknél is.)
Szerintem ha olyan igények lépnek fel, mint amiket írsz, felejtsd el a LyX-et, csak dühíteni fognak a korlátai. Jobban, mint az az idő, amit a LaTeX-re kell fordítani, hogy megtanulj benne ezt-azt.
Sokáig teljesen fapadosan LaTeX-eltem: gvim+parancssor. Mostanában jobb szeretem a Kile-t használni, ami pár dolgot egyszerűsít a LaTeX szerkesztésben, de meg sem próbálja azt az agyonhype-olt "What You See Is What You Get" koncepciót. Azt hiszem, valami hasonlót, mondjuk épp a Kile-t érdemes lehet kipróbálnod.