Az a baj, hogy nem vagy tisztában a perl s/// és a y/// operátorainak feladatával.
Az s/ezt/erre/ az "ezt" reguláris kifejezést cseréli az operandusában az "erre" sztringre.
Az y/1234/abcd/ viszont az "1234" karaktersorozatának n-edik elemét cseréli az "abcd" karaktersorozat n-edik elemére az operandusában.
Esetedben pl. a
rename 's/cdda\.//' *.flac
lehetett volna egy használható megfogalmazás.
Az általános megoldás pedig a
man perlop
"Quote-Like Operators" című bekezdéseinek átolvasása.