Most akkor lehet scriptezni vagy sem? Mert te ffmpeg-et írtál, de az meg script, pontosabban cli.
Ha lehet is meg nem is scriptezni akkor az akkor azt javaslom, hogy írj nagyon egyszerű GUI-s wrappert az ffmpeg fölé.
Én csináltam ilyet, annyit tudott, hogy egy adott fájlt lekódolt, illetve a metaadatokat beírta az mp4 fájlba. Faék egyszerű volt.