Első körben ezeket nézd meg, kimeneteket vizsgáld meg:
apache2 -D DUMP_VHOSTS
apache2ctl configtest
diff jovhostfile rosszvhostfile
Illetve lesd meg, hogy default vhostként mit adtál meg, gondolom ott a /var/www van. Ha az, akkor mindenképpen valami konfolási hiba lesz és ezért dobja oda.