Ja, azért hogy tanuljunk, a sed kicsit módosítva:
$ cat teszt
[section1]
name1=val1
name2=val2
[section2]
name1=val1
name2=val2
$ sed "/\[section2\]/,/\[.*\]/ s@name1=.*@name1=new_val@" teszt
[section1]
name1=val1
name2=val2
[section2]
name1=new_val
name2=val2És így már talán jó is :)