Röviden és tömören: a szabványok disztrónként változhatnak. De legalább egy disztrón belül egységes.
Windows alatt "csomagtelepítés" esetén pedig semmi egység nincs. Össze-vissza dobálják be magukat a programok a start menübe, a különféle könyvtárakba mappákba, registry-be, aztán eltávolításkor továbbra is ott maradnak a nyomok, stb. MSI... cseszhetem, ha csak az MS-es progik használják, és az egyebek nem. És nem is tudom rákényszeríteni. Míg linux esetében a csomagolók kényszerítik bele a progikat a csomagszabványba.
Az általad említett további kérdésekre a válaszom: RTFM :) A legtöbb disztró dokumentációjában ezek a specifikus dolgok benne vannak. Amikben meg nincs... szóval ha ezeket a konfigokat és initszkripteket keresed, könnyen megtalálod (ui. ha már egyáltalán eszedbe jut keresni, akkor már van valami fogalmad a dolgokról :) ).
"Na mert aztán Linuxnál ez nincs meg. Minden komolyabb program az általa hazsnált libeket csomagolja magával, mert nem tudhatja, hogy a rendszer, amin fut, mit nyújt. Ún. self-contained alkalmazások."
Hm? Én speciel mindent csomagból telepítek, és egyik függőségi listája se üres (na, jó, de igen, de azok az alapdolgok).