.cer (PEM/DER) nem fog menni, használj PKCS12-őt, a fenti rémhírekkel ellentétben semmi köze a windows keystore-hoz, ez egy keystore formátum.
Legegyszerűbben így tudsz ilyet előállítni: openssl pkcs12 -export -out valami.pkcs12 -in client.cer -inkey client.key -chain -CAFile ca.crt -name "Server name" -caname "Ceg CA egyszeru neve"
Nem futtattam le a parancsot, ezért lehet, hogy lesz benne hiba. A -name és -caname paraméter az opcionális.