Utána kellene olvasni a dolgoknak, nem csak úgy dobálózni. Miért van ez így, íme: http://cgit.freedesktop.org/udisks/commit/?id=aa02e5fc53efdeaf66047d2ad…
"+ /* otherwise fall back to mounting in /media */"
Vagyis ha nem sikerül a /run/media/$user alá csatolni akkor marad a /media.