Próbáld meg így:
/usr/bin/mysql -S /var/lib/mysql/mysql.sock -u user -pjelszo adatbazis
Több instance esetén a cli szokott olyat kínlódni, hogy lokál db esetén socketet, távolról kapcsolódás esetén a portot meg kell adni neki. Lehet, hogy a Java miatt szükséges lehet a socket megadása.
Próba cseresznye, tipp, nem garancia. :)