Az etckeeper (http://joey.kitenet.net/code/etckeeper/) tud bizonyos meta-adatokat tárolni a git által tároltakon túl, de nem tudom, hogy SELinux által használtakat is tárolja-e.
A http://linuxgazette.net/148/misc/lg/version_control_for_etc.html oldalon van említve egy svn-es megoldás, ami állítólag kifejezetten tárol SELinux dolgait.
Gondolom ha etckeeper önmagában nem jó, a kettőt összeházasítva (azaz savon-ból a SELinux-os meta-adat mentés/visszaállítást hozzácsapva etckeeper-hez) működhet.