Közben debuggoltam, a bash nem azt mondja hogy bocs, hanem simán egyszerűen az ssh flusholja az stdin-t a session _végén_. Így logikus, hogy miért tud ez megtörténni a while < file esetben és nem a másikban. És nem $maxjobs -szor megy le a ciklus, az csak egy sajátosság volt a futások hossza miatt. :)
Bevallom csak akkor kezdtem ebben az irányban nézelődni, amikor kicseréltem a bash-t default solaris sh-ra (bash gyakrabban szokott meglepni), az ssh-t meg rsh-ra.. ja, az rsh is flusholja a stdint :)