Ne az /etc/tomoyo-t töröld, hanem futtasd tomld-t --clear opcióval :)
A --clear nem csak az /etc/tomoyo/ szabályait törli, hanem az új üreseket be is tölti a kernelbe futtában. Tehát reboot sem kell. Ami a mappában marad, azok régi configok backup-jai. Nem zavarnak semmit.
Ha törlöd az /etc/tomoyo-t, akkor a linux indulásakor a kernelbe nem tudja a tomoyo_init betölteni a kezdeti szabályokat. Ekkor a megoldás, hogy újra boot-olsz, de a grub-ból kikapod a "tomoyo=security" kernel paramétert erre az indulásra, aztán tomld --clear.
Szóval mindig --clear kapcsolóval törölj, ekkor legalább megmaradnak az előző szabályok elmentve az /etc/tomoyo-ba, ettől még azok nem fognak zavarni, és teljesen alapba áll vissza.
Az /etc/tomoyo mappa pedig kell, azt nem írta senki hogy nem. Ezt a Tomoyo kernel modul használja. Tomoyo-t pedig tomld használja.
A tesztelést megint köszi.