Én semmiképp se a DAO osztályt annotálnám, több okból sem, de főleg azért, mert a DAO osztály nem erre való. Lehet csinálni *WebService osztályt, ami fel van szépen annotálva, és abból tovább lehet hívni a DAO-ba.
Kőbaltás megoldást nem tudok, de nyilván ki kell találni, hogy mi a stratégia a szinkronizáció során, hogyan lehet érzékelni/jelezni a változásokat, és hogy hogyan vigyük át a változásokat egyik adatbázisból a másikba.
Én beleolvasnék valamilyen elosztott rdbms vagy cluster dokumentációba, hátha nyújt valamilyen ötletet.