Nincs előttem Windows, de így mennie kell:
1. Csinálj egy indítóikont az Asztalra ehhez:
C:\Program Files\Python26\python.exe (a parancsikon neve legyen python).
2. Tegyél egy másik indítóikont mellé, ami a cmd.exe-t indítja és amiben beállítod, hogy az indítás helye ne a %windir% legyen, hanem az Asztal.
3. Ezután ha a parancssort az adott ikonnal indítod, majd a pythont az asztalon lévő parancsikonnal hívod (kiadod a python parancsot), tuti hogy nem nyit új ablakot.