Szerintem azért lehetetlen ezt megcsinálni, mert a git fájlon belül sor szintű öseszehasonlításokat végez, úgy tárolja a diffeket. Ha az állományok titkosítottak lennének, akkor hogy lehetne diffet tárolni?
Hacsak nem lehet egy teljes virtuális gépet titkosítani...
Meg lehet úgy is oldani, hogy a rendszergazda nem kap fizikai hozzáférést, illetve teljes root jogkört. Ezzel "csak" annyi a probléma, hogy akkor várhatóan nem tudja ellátni a feladatát.
Amúgy meg az egész problémakör DRM-re hajaz, amit - mint tudjuk - csipekbe épített védelem nélkül lehetetlen megvalósítani.