Kicsit tisztább megoldás:
$ gem install jquery-rails
$ rails generate jquery:install
Éles szerveren nem kell a gem, csak annyit csinál, hogy bemásolja a rails.js-t és a jquery-t a helyére.
Még mindig nem értem, miért éppen prototype, eddig amit láttam, mindig az első dolog volt kidobni és jquery-t helyébe tenni :)