A SimpleX úgy működik, hogy nincs központi userID mint általában az üzenetküldő alkalmazásokban, például telefonszám vagy felhasználónév. Amikor létrehozol egy kapcsolatot valakivel, a SimpleX egyedi kapcsolati azonosítókat (connection IDs) generál mindkét fél számára. Ezek az azonosítók egy-egy kapcsolat sajátosságai, és nem azonosítják globálisan a felhasználót, csak adott kapcsolaton belül érvényesek. Az üzenetek e kapcsolati azonosítók alapján kerülnek továbbításra a megfelelő eszközre. Az üzenetek titkosítása és a "routing" több közvetítő szerveren keresztül történik. Ezek a szerverek segítik az üzenet átvitelét, de nem láthatják az üzenet tartalmát, és azt sem tudják, hogy ki küldte vagy kinek szól, mivel az üzenetek titkosítva vannak, és csak a címzett eszköz tudja visszafejteni őket. A szerverek csupán az üzenet továbbítását végzik a kapcsolati azonosítók alapján. A szerverek használják a kapcsolati azonosítókat, hogy megfelelően továbbítsák az üzeneteket. Bár a szerverek nem ismerik a tényleges felhasználókat, vagyis nincs global userID, mégis rendelkeznek információval arról, hogy egy adott kapcsolati azonosító melyik szerverhez vagy eszközhöz tartozik. Ez teszi lehetővé az üzenetek továbbítását a címzett felé.
Ha nagyon titkolni akarják a kommunikáció tényét a felek, akkor nem árt ha egyszer az életben találkoznak és QR kóddal veszik fel a Simplex klienseik közötti kapcsolatot.
Ezzel a módszerrel VOIP hívás, és pláne videohívás soha sem fog megfelelően működni a rendszerbe betervezett lag miatt. Pust-to-talk-ot viszont érdemes lenne beleimplementálni, az még videóüzenet formájában is működőképes Simplex-en.
A teljesen p2p Tox-szal szemben itt vannak szerverek, így talán stabilabban működik a Simplex. Tox-on már annyira secure minden, hogy néha a címzett előtt is örökre rejtve marad az eredetileg neki szánt üzenet :D