Nem vagyok tapasztalt az ngix működésében, de úgy tudom, nem tudja azt a funkciót, amit a .htaccess, azaz, hogy a mappába bemásolt fájlt a kérelem idején olvassa és értelmezi. Amennyiben a webszerver konfigurációjában kell beállítani a rewrite-ot, az valóban elég hatékony lehet, de azt meg a php nem fogja tudni legenerálni. (Vagy legenerálja, de nem tudja felolvastani a webszerverrel.)
A .htaccess esetén pedig nem csak felolvassa a fájlt és értelmezi, hanem minden kérelem esetén a gyökérkönyvátrtól egészen kiszolgáló mappáig minden mappát át kell néznie, és el kell döntenie hogy van-e ott .htaccess, módosult-e, és ha igen értelmezni is a tartalmát. Azt nem tudom, tárolja-e a htaccess-ekben lévő szabályokat, vagy kérelmenként értelmezi, a forrást még sosem láttam.