Alapból nem piszkáltam, de az ötlet jó. Köszi!
Most találtam a neten: ionice -c3 script.sh
man:
-c, --class class
Specify the name or number of the scheduling class to use; 0 for none, 1 for realtime, 2 for best-effort, 3 for idle.
Ennek eredményeképp a munin eddig egyszer sem hagyott ki, plusz a top szerinti iowait sem olyan magas, mint korábban.