uwsgi (igény esetén akár több instance is) + Virtualenv + Apache HTTP (vagy FCGI) proxy kell neked.
Ezek megoldják a problémádat, sztem mod_wsgi-ből csak egyet tudsz egy Apache instance alá betölteni.
uwsgi-t külön tudsz telepíteni Virtualenv-enként és külön tudod futtatni őket.
Apache-ban meg projektenként arra a uwsgi-re proxy-zol amelyikre akarsz.
A uwsgi-t ne csomagkezekővel telepítsd, hanem pip-el a Virtualenv-be bele.
Szerk.:
https://wiki.python.org/moin/Python2orPython3
Ha kettest használsz, akkor a from __future__ dolgok mindenképpen hasznosak szerintem...
♲♻♲