Aha, az tényleg fura, amikor konfigfájl-generáló konfigfájlt kell szerkeszteni, így érthető.
Viszont az, hogy kernelupgrade után felülírja a generáltba kézzel beleszerkesztett dolgokat, az úgy gondolom nem a grub2, hanem az adott disztró hibája, gondolom egy postupdate-hook a konfigfájlgenerálókonfigfájlból generál újat (amibe reményeim szerint még a hírhedt "Autogenerated-DO NOT EDIT" üzenetet is beleírja) ;-)