Megnézve a hibakimenetet, egy mappánál működött, ami mögött volt egy szóköz, szóval minden sor végére betéve szóközt, szépen lefutott. :)
Abban a mappában állva amire a csomagolás (mappanevek fájl a "/fájl/elérési/UTJA"-helyen) vonatkozik:
cat /fájl/elérési/UTJA | while read mappanev; do zip -r "/tmp/"$mappanev".zip" $mappanev; done