A software alapú megoldások abban az esetben ideálisak, ha a VPN egy-egy határvonala más-más szervezet tulajdonában van (tipikusan terméktámogatás, vagy üzletféli kapcsolatok esetén), vagy abban az esetben, ha ugyanaz a tulajdonos, de eltérő a használt eszközök típusa a szervezeten belül. Manapság a VPN menedzselésére a legrugalmasabb megoldásokat a software alapú termékek nyújtják. A legtöbb ilyen programcsomag lehetőséget ad a csomagok címzés, vagy protokoll szerinti tunneling-jére (a csomagok újracsomagolódnak egy PPP szekvenciába és így jutnak el a célhoz, ahol a fogadó visszabontja), ellentétben a hardware alapú megoldásokkal, amelyek általában a protokollra való tekintet nélkül minden forgalmat tunelleznek. Ez a tulajdonság hasznos lehet abban az esetben, ha a távoli gépeknek kétféle minőségű adattal kell dolgozniuk, olyanokkal amelyeket a VPN-en keresztül kell küldeniük (pl adatbázis bejegyzések a főnökségnek) és olyanokkal, amelyeket nem (web böngészés). Előny még, hogy jól skálázható, hátrány viszont, hogy több háttértudás szükséges a beállításához, mint amilyen a kiszolgáló operációs rendszer széles körű ismerete. Az operációs rendszerek túlnyomó része pedig ma már önmagában is ad valamilyen szintű támogatást. Ezek az operációs rendszerek a következők (a nevezett verziótól kezdve, újabb verzió esetén valószínűleg szintén tartalmaznak támogatást): Microsoft Windows 2000, Apple Mac OS X, IBM OS390, Sun Solaris 8, HP Unix, Linux + FreeSwan, *BSD + Kame. Természetesen az idő előrehaladtával a fent említett határvonalak is egyre inkább elmosódnak, hiszen a hardware gyártók is adnak software-eket, hogy minél rugalmasabbá tegyék termékeiket, illetve a software megoldást kínálók is igyekeznek bevonni speciális hardware elemeket a teljesítmény növelése érdekében. Az IPSec szabvány bevezetése is segíti ezen eszközök vegyes alkalmazását.