A választás a "hagyományos NIS" és a NYS könyvtár NIS kódja között olyan, mint a választás a lustaság és fejlettség, vagy a rugalmasság és a kaland imádata között.
A "hagyományos NIS" kód az általános C könyvtárban található már jóideje és néha a korától és a kissé rugalmatlanságától szenved.
A NYS könyvtár NIS kódjának használatához újra kell fordítanod a libc könyvtárat, és bele kell fordítani a NYS kódot (vagy legalábbis szerezned kell valalkitől, aki már elkészítette egy előfordított libc változatot).
A másik különbdég, hogy a hagyományos NIS kód tartalmaz némi NIS Netgroups (NIS Hálózati csoportok) támogatást, szemben a NYS kóddal. Másfelől a NYS kód lehetővé teszi, hogy árnyék jelszavakat (Shadow Password) használj teljesen átlátszó módon. A "hagyományos NIS" kód nem engedélyezi NIS feletti árnyék jelszavak használatát.
Ezt mind el is felejtheted, ha az új GNU C könyvtár 2.x-et (azaz libc6) használsz. Ebben valódi NSS (név kapcsolás szolgáltatás) támogatás van, ami nagyon rugalmassá teszi, valamint a következő NIS/NIS+ térképekre is tartalmaz támogatást: aliases, ethers, group, hosts, netgroups, networks, protocols, publickey, passwd, rpc, services és shadow. A GNU C könyvtárnak nincs problémája a NIS feletti árnyék jelszavakkal.
A NIS és NIS+ közötti választás nagyon könnyű - használj NIS-t, ha nincs szükséged a NIS+-ra, vagy ha komoly biztonsági szükségleteid vannak. NIS+-t _sokkal_ körülményesebb adminisztrálni (nagyon könnyű kezelni a kliens oldalról, de a szerver oldalán szörnyű). Másik probléma, hogy a NIS+ linux alatti támogatása még mindig fejlesztés alatt áll - a legfrisebb glic 2.1-re lesz szükséged. Van a glibc NIS+-nek egy nemtámogatott portolása a libc5 rendszerekre, mint alternatíva.