Partíciót nem csak partícióként lehet menteni, hanem fájlszinten is, pl. tar-ral, rsync-kel, akkor az üres helyet nem menti.
A másik, amit tudsz tenni, hogy legközelebbi újratelepítésnél használsz btrfs-t, az tud könnyen visszaállítható snapshotokat csinálni.