FTPS esetében választhatsz, az explicit titkosításnál titkosítatlanul kezdődik a kapcsolat (alapértelmezetten a 21-es port), ahol felkínál egy AUTH TLS nevű parancsot, ha ezzel folytatod, akkor a kapcsolat utána titkosított csatornára vált. Implicit titkosítás esetén (általában a 990-es porton fut) eleve TLS kézrázással indul, és utána titkosított lesz az adatcsere.
FTP szoftver és beállítás függvénye, hogy kötelező-e a titkosítás vagy sem.