Hoppá, tényleg van párhuzamosan (hehe) két parallel progi is, legalábbis Ubuntuban (moreutils és parallel csomag), amik jó inkompatibilisek. (Ennyit arról, hogy ami szkriptet írsz, az mennyire lesz portábilis.)
Ennek megfelelően korábbi észrevételeim nagy része tárgytalan a "parallel" csomaggal, ezer bocsi.
Úgy látom, van valami olyan, hogy {=perl expression=}, és azon belül Q(string), ezzel próbálkozz hogy be tudja-e helyettesíteni a fájlnevet shell quoted formában. {=Q($_)=} vagy valami hasonló talán.