Az Appimage jó akkor, ha teljesen önállóan, elszigetelten kell valami. Jól is működik.
A Flatpak azzal tud többet, hogy komplett csomagkezelést ad, intézni lehet vele egyben a frissítéseket egy központi tárból, amik tényleg mindig a legfrissebbek, nem számít hogy az adott disztró mit mennyire követ.
A nagy előny az AppImage-hoz képest, hogy frissítéskor csak a különbséget tölti le (mint a delta-RPM), így pl. nem tölti le újra a komplett 300 MB-ot, hanem mondjuk csak 30-at. Én mindenből szeretem a frisset, nekem ez szempont.
A LibreOffice csak azért kivétel, mert túl komplex szoftver ahhoz, hogy egy új sorozat belőle elsőre hibátlan legyen. Minimum két javítási csomagot szoktam várni vele.