Fájl szinten nincs értelmes megoldás.
Azt kell eldönteni, hogy a backuphoz képest mi változott. Helyben ezt te nem tudod egyértelműen eldönteni, kell hozzá a mentésben levő adat is.Tízmilliós nagyságrendű fájlmennyiségnél a hálózati latency viszi el az idő többségét.... veszett sok időt.
Ennyi fájlt talán inkább blokkszinten érdemes menteni, valamivel ami tud CBT-t (changed block tracking)....
Esetleg blokk szinten snapshotoló file rendszerben a snapshotok differenciáját adat streamként. (pl. zfs send-receive)