Röviden: rosszul használod, a konténer nem chroot környezet.
Hosszan: Konténerben nem turkálunk menet közben, ha bármi változás van, akkor az Dockerfile és/vagy -compose.yml változással jár, abból mindig új image és/vagy környezet készül, benne a változással; a régi konténereket eldobod az újakat meg felhúzod helyette, ha több fut belőle, akkor rolling update.