Néztem, miket írtál. Nem figyelsz rám eléggé. Nem azt írtam, hogy dnf check update, csak azt, hogy dnf check. Update nélkül. Ezért dobott neked hibaüzenetet.
A másik, hogy az elmondottak alapján az initrd-d kehes. Csinálj, kérlek egy initrd-t, de ha frissebb kernelt teszel fel, akkor megcsinálja saját maga.
A /run-ra nem tudom a pontos választ. Ha van türelmed, bind mounttal csatold fel chroot előtt az új rootfs run-ja alá a /run-t, abból baj nem lehet, hasonlóképpen a /proc, /sys, aztán mehet a chroot. Az initrd-t a chroot-olt környezetben csináld, de szerintem chroot nélkül is meg tudja csinálni, mert emlékeim szerint a dracut paramétereként megadható kernel verzió is, nem csak a futó kernelhez tud initrd-t csinálni.