Dockerfile-ban az image-t írod le, compose file-ban a konténert (mountokkal, networkkel, linkekkel, startup opciókkal).
Persze ha csak egy konténer van akkor azt leírhatod egy bazi hosszú command line-ba is, de szerintem kényelmesebb a compose file.
És ugye a compose-al indított konténert kezelgetni is egyszerűbb compose parancsokkal.