Ami neked áttekinthető, az a csomagkezelés szempontjából nem az. Van erre jópár szabály, debianokon (is, meg kb minden ismertebb disztrón) a csomagkészítésnek is vannak előírásai, amik ezt hozzák. Megkerülheted a csomagkezelést, felrakhatsz kézimunkával vagy egy adott program telepítőjével csomagokat az /opt alá, de egyrészt ebből keveredés lehet, másrészt innentől a csomagkarbantartás, update a te dolgod. A slaki ezt kicsit másként értelmezi, ott ezért nincs teljesen így.
Erről itt is olvasgathatsz.
Az hogy a teljesítmény adott esetben eltér egyes disztrókon az épp függhet attól, hogy mire, milyen paraméterekkel fordították, mik a default beállítások, etc. Meg persze attól is, hogy épp milyen verziókat telepít. Ha munkára rendszeresen használod akkor érdemes lehet akár csak ezért egy külön rendszert tartani és behangolni neki, persze ahhoz tapasztalat kell, hogy kiválaszd a megfelelőt - mondjuk a slaki pont jó lehet :) de nálam rutinosabbak talán dobnak még be erre tippet.
Szerk: szerintem sok időt nem érdemes hibakeresésre fordítani ha a disztró csomagokkal alapból nem megy rendesen, bár tanulságnak érdekes lehet.