A szabvány amúgy megengedi, és szerintem ezt meg is szokták csinálni, hogy nem is létezik ilyen platformon int64_t. Az egész stdint.h-ban definiált típusok opcionálisak:
"These types are optional. However, if an implementation provides integer types with widths of 8, 16, 32, or 64 bits, no padding bits, and (for the signed types) that have a two’s complement representation, it shall define the corresponding typedef names."
Szóval az, hogy az stdint.h-ban mi van, az minden egyes platformra implementációfüggő. Szóval simán lehet, hogy le se fordul az int64_t-re hivatkozó kód az adott fordítóval és libraryvel, mert nem támogatott.