Szerintem itt a vége a történetnek:
-
High Concurrency
SQLite supports an unlimited number of simultaneous readers, but it will only allow one writer at any instant in time. For many situations, this is not a problem. Writers queue up. Each application does its database work quickly and moves on, and no lock lasts for more than a few dozen milliseconds. But there are some applications that require more concurrency, and those applications may need to seek a different solution
https://sqlite.org/whentouse.html
Click-click módon megírt alkalmazás, csilliónyi tök felesleges írással akár a menü nyitogatásakor és már ott is vagyunk amit tüneteket leírsz.
Ezen semmilyen samba tuning nem segít. Ha normálisan lenne megírva az app (ezen a szinten nem hiszem) akkor egy adatbázis cserével megoldható lenne a történet.